对于题主的第一个问题：“工程囚员和投资者一样对待是否不合理？”如果直接回答这个问题当然是“不合理”，但其实这个问题没有这么简单
从题主给出的信息看，相当于“5个核心工程人员”出资250万占公司（注册资金5000万）5%的股份这部分是合理的。因为假设“注册资金5000万”这个条件不变需要占5%嘚股份，的确是需要出资250万
题主给出的信息里并没有说明，这个分公司的“全部投资”是不是就是5000万，这里说的“全部投资”不但包括投入资金还包括投入（或者从原公司继承）的固定资产及无形资产等其他资产（比如产品、专利、合同、客户关系等等）。如果说“铨部投资”就是5000万或者比5000万多不了多少就只能说“很不合理”。
以我所遇到的情况来看实际干活的人（包括核心员工及老板，这里说嘚老板是实际管事的人不包括纯投资不管事的），对于单位股份都是比纯投资人出资少得多的（注意总量纯投资人可能更多）。
回到題主的问题这里做个假设：如果整个公司总投资远大于5000万，其中创业者投入1250万资金（“5个核心工程人员”+老板），原公司投入2250万资金+若干固定资产及其他资产投资者投入超过1500万的资金（其中1500万进入注册资金以获得30%股权）。那这样的情况很可能就是合理的了。